هاتاوی نوا در حالی که با گذشته‌اش درگیر است، تحت تأثیر دختری مرموز با قدرت‌های عجیب قرار می‌گیرد و هم‌زمان برای یک حمله بزرگ آماده می‌شود. در سوی دیگر، نیروهای فدراسیون زمین نقشه نابودی او را طراحی می‌کنند و همه‌چیز به رویارویی خطرناکی نزدیک می‌شود و ...

جنگ همچنان ادامه دارد و جنبش‌های استقلال‌طلبانه و حملات گروه بلوکوسموس وضعیت را بحرانی کرده‌ است. در این میان برای آرام کردن اوضاع، یک آژانس نظارت بر صلح جهانی به نام کمپاس تاسیس می‌شود که لاکوس کلاین ریاست آن را بر عهده می‌گیرد. حال کایرا و همراهانش به‌عنوان اعضای کمپاس در نبردهای منطقه‌ای مختلف مداخله کرده و ...

داستان انیمه در مورد خلبانی به نام "آمورو ری" که به همراه خدمه پایگاه سفید، ماموریت پیدا می‌کند برای نابودی نیروهای دشمن، به جزیره‌ای دور افتاده به نام جزیره بدون بازگشت سفر کند. اما ....

هاتاوی نوا ، که هنوز تحت تعقیب اقدامات گذشته خود قرار دارد ، به یک سازمان تروریستی به نام مفتی می پیوندد. مفتی در حال مبارزه با یک تروریسم علیه دولت فدراسیون زمین است.

یک سال از وقایع قسمت قبل و گشایش جعبه لپلیس گذشته است. در پی درگیری‌ای به نام حادثه‌ی لپلیس ، باقیمانده‌ی نیروهای نئو زیون ملقب به اسلیوها نابود شده‌اند. هم بانشی‌ها و هم یونیکورن گاندام‌ها از هوشیاری علنی محروم ، در خفا زندانی شده و محکوم به فراموشی به دست تاریخ هستند. هر چند که ناگهان گزارش‌هایی از رویت یک گاندام دیگر به دست می‌رسد. یونیکورن گاندامی که باور می‌رفت دو سال پیش مرده باشد ، دوباره بازگشته است و…

قرن نوزدهم،" ادوارد ماسون" هویت خود را مخدوش کرده و در آکادمی نظامی فضانوردی ثبت نام می کند. او با همکلاسی خود گارما، خانواده ی زابی را توسعه می دهند و در نهایت در معرض تسلیحات قرار می گیرند و برای استقلال نیروهای امنیتی فدرال زمین مبارزه می کنند...

در سال ۰۰۷۹ تقویم جهانی، انسان‌ها بخش فضایی میان زمین و ماه را به استعمار خود درآورده‌اند. با این حال، خاندان جاه‌طلب زابی، حاکمان قلمرو زئون که دورترین مجمع‌الجزایر فضایی از زمین است، جنگی را آغاز می‌کنند.