در طول یک مسابقه قهرمانی بیسبال، سه برادر می‌شنوند که پدربزرگشان در ژاپن دچار مشکل شده است و برای کمک به او راهی می‌شوند و مسابقه را واگذار می‌کنند. وقتی به ژاپن می‌رسند، باید از تمام توان خود برای دفاع از او در برابر دشمن دیرینه‌اش که برای انتقام‌جویی بازگشته است، استفاده کنند.

هر سال سه برادر به نام‌های ساموئل، جفری و مایکل داگلاس برای تعطیلات تابستان به دیدن پدربزرگ ژاپنی خود، موری شینتارو می‌روند که بچه‌ها او را با محبت «بابابزرگ» صدا می‌زنند. موری در هنرهای رزمی و نینجوتسو بسیار ماهر است و سال‌هاست که تکنیک‌های خود را به پسرها آموزش می‌دهد. وقتی مشخص می‌شود که یک باند جنایتکار سازمان‌یافته برای اف‌بی‌آی بیش از حد قدرتمند است، نوبت به ۳ برادر نینجا می‌رسد! آن‌ها برای مبارزه با این باند و فریب دادن آدم‌ربایان سمج، از مهارت‌های رزمی خود استفاده می‌کنند.

راکی، کلت و تام تام باید با یک ثروتمند شرور که زباله‌های سمی را تخلیه می‌کند مبارزه کنند تا یک قبیله محلی سرخ‌پوست و دوستشان جو را نجات دهند. ۳ نینجا باید به پیدا کردن پدر جو و یک دیسک مخفی کمک کنند که حاوی شواهدی است که می‌تواند جلوی محل دفن زباله‌های سمی را که جامعه سرخ‌پوستان را نابود می‌کند، بگیرد. با این حال، شهر متعلق به آن مرد ثروتمند است و او پلیس و حتی شهردار را کنترل می‌کند. آن‌ها در این ماجراجویی نینجایی بی‌وقفه، باید با یک باند موتورسوار و گاوچران‌های یاغی بجنگند.