فیلم «یک مرد ناپدید می‌شود» به بررسی مفهوم جوهاتسو می‌پردازد و پدیده ناپدید شدن افراد در ژاپن طی سالیان متمادی را به تصویر می‌کشد. فیلم‌سازان یکی از این افراد را از لیست انتخاب می‌کنند؛ کسی که به نظر می‌رسد به دلیل اختلاس از شرکتش از روی زمین محو شده است، و یک مستند تحقیقی را درباره دلایل پشت این ماجرا و تلاش برای ردیابی او آغاز می‌کنند.