یک پیشگویی در اوکیناوا که نابودی زمین را پیش‌بینی می‌کند، با ظهور دوباره گودزیلا و بازگشت او به ریشه‌های ویرانگرش به حقیقت می‌پیوندد. اما پس از اینکه گودزیلا فک متحد خود، آنگیروس را می‌شکند، مشخص می‌شود که همه چیز آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اوضاع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که گودزیلای دوم ظاهر می‌شود و فاش می‌کند که همزاد او در واقع یک سلاح مکانیکی است.