فیلم «بازرسی بدنی» چندین داستان موازی را دنبال می‌کند که به بررسی آزادی‌های فردی در مقابل امنیت ملی در دوران پس از حملات ۱۱ سپتامبر می‌پردازند؛ دو خط داستانی اصلی شامل یک زن آمریکایی بازداشت‌شده در چین و یک مرد عرب بازداشت‌شده در شهر نیویورک است.

گری، یک نوازنده، در رابطه‌ای ناخوشایند با نامزدش دورا گرفتار شده است. او شیفته زن زیبایی می‌شود که در رویاهایش ظاهر می‌گردد و سعی می‌کند وضعیت خواب دیدن خود را کنترل کند تا بتواند زمان بیشتری را با او بگذراند. وقتی گری چهره زن مرموز رویاهایش را روی یک بیلبورد تبلیغاتی اتوبوس می‌بیند، متوجه می‌شود که او واقعی است و سرنوشت فرصتی برای ملاقات با او را فراهم می‌کند.

کامران پسری ۱۲ ساله در دوران معاصر است که متوجه می‌شود نیاکان او، ریاضیدان، اخترشناس و شاعر بزرگ ایرانی قرن یازدهم، عمر خیام بوده است. این داستان نسل به نسل در خانواده او منتقل شده و اکنون وظیفه اوست که این افسانه را برای نسل‌های آینده زنده نگه دارد. فیلم ما را از دنیای مدرن به گذشته‌ای حماسی می‌برد؛ جایی که رابطه میان عمر خیام، حسن صباح (بنیان‌گذار فرقه حشاشین) و عشق مشترکشان به زنی زیبا، پیوند دوستی ابدی آن‌ها را از هم می‌گسلد. این اثر تقریباً به طور کامل در شهرهای سمرقند و بخارا در ازبکستان فیلم‌برداری شده است.